El arzobispo de Bogotá, Monseñor Bernardo Herrera Restrepo, confió a los Capuchinos el cuidado espiritual de esta iglesia de La Concepción en el año 1905, y desde entonces están los Capuchinos al servicio de la misma y han centrado todo el culto de la iglesia en la adoración del Santísimo Sacramento.
Adquirieron la propiedad, comprándosela a las concepcionistas, propietarias del inmueble, el día 10 de septiembre 1948.
El "monasterio" adjunto, hoy convento de los Hermanos Menores Capuchinos, empezó a construirse en 1968, pues a raíz del terremoto del mes de febrero de 1967 quedó sensiblemente afectada la parte del monasterio y el gobierno distrital obligó a derrumbarlo. En él se encuentran la Curia Provincial de la Provincia Capuchina de la Virgen María, Madre del Buen Pastor, de Colombia.
En el actual convento de los Capuchinos, que ocupa parte del antiguo monasterio, se conservan algunos elementos y reliquias arquitectónicas: columnas monolíticas, un aljibe en forma de botellón que se alimenta de aguas subterráneas y una pila surtidor ,datada en 1653.
